建初九年（84年），朝廷为了进一步壮大班超的力量，又派遣和恭出任代理司马，率领八百精兵远赴西域增援。兵力既足，班超便决意拔除莎车这颗钉子。他传令下去，调集疏勒、于阗两国的兵马，组成联军，浩浩荡荡地向着莎车国进发。

莎车王得知消息后，惊恐不已，却也早有筹谋。他暗中派人携带重金，前往疏勒，秘密联络疏勒王忠。疏勒王忠本就立场摇摆不定，见莎车王送来厚礼，又许以重利，顿时动了叛心，竟不顾班超的知遇之恩，公然背叛大汉，举兵占据乌即城，与莎车、龟兹勾结一处，对抗班超。

变生肘腋，班超却依旧镇定自若。他当机立断，废除了叛王忠的封号，改立疏勒府丞成大为新的疏勒王，稳定疏勒国内人心。随后，班超亲自率领联军，兵发乌即城，将城池团团围住，日夜猛攻。谁知，就在此时，康居国（今巴尔喀什湖和咸海之间）竟派遣精兵数万，星夜驰援疏勒王忠。康居兵势强盛，援军一到，乌即城的防守顿时变得固若金汤。班超率军攻打多日，损兵折将，却始终难以破城，战局一时陷入僵持。

正当班超苦思破敌之策时，一个消息传入他的耳中——月氏国与康居国新近缔结了姻亲之盟，两国关系正处在蜜月初合之际。班超眼前一亮，一条妙计油然而生。他立刻派人携带大量珍宝厚礼，出使月氏国，觐见月氏王。使者面见月氏王后，陈明利害，晓以大义：“康居国如今出兵援助叛贼忠，实则是与大汉为敌。大汉兵威正盛，平定西域不过是早晚之事。若康居执意与大汉作对，他日定然难逃覆灭之祸。月氏与康居乃是姻亲，切莫因一时之念，被康居拖累，引火烧身啊！”月氏王听罢，心中悚然，细细思量之下，觉得此言甚是有理，当即派人前往康居，劝说康居王罢兵。

康居王本就对大汉心存忌惮，又碍于姻亲情面才出兵相助，如今见月氏王出面调停，正好顺水推舟。他当即下令，撤回驰援乌即城的精兵，同时还将疏勒王忠一并带回了康居国。群龙无首的乌即城，再也无力抵抗，很快便被班超攻破。疏勒国再度恢复安定，班超的威名也愈发远扬。

元和三年（86年），流亡康居的疏勒王忠贼心不死，竟从康居王那里借得一支兵马，占据了损中城。他一面与龟兹国暗中勾结，密谋卷土重来，一面又派人前往班超的营帐，假意请降，企图以此麻痹班超，伺机发动突袭。

班超何等精明，早已看穿了忠的诈降诡计。他不动声色，决定将计就计，假意答应了忠的归降请求。忠见班超中计，心中大喜过望，当即放下戒备，只带着少数随从，轻装简从地来到班超的军营，准备接受册封。

班超早已在营中设下酒宴，表面上对忠礼遇有加，觥筹交错之间，却暗藏杀机。酒过三巡，班超陡然面色一沉，掷杯为号。帐外早已埋伏好的武士一拥而入，将忠当场擒杀。紧接着，班超率领大军，乘胜追击，直扑损中城。失去首领的叛军顿时溃不成军，被汉军一举击破。经此一役，西域南道的最后一处叛乱被彻底荡平，从此南道畅通无阻，往来商旅络绎不绝。

元和四年（87年），班超经过一番周密部署，调集于阗等西域属国的兵马两万余人，再度挥师攻打莎车国。龟兹王得知莎车被围，岂能坐视不理？他立刻派遣左将军统领温宿、姑墨、尉头三国联军，共计五万大军，星夜驰援莎车。

一时间，敌我双方兵力悬殊，联军以五万之众对阵班超的两万兵马，敌强我弱的态势十分明显。麾下诸将见状，皆面露忧色，班超却神色自若，心中早已酝酿好一条破敌妙计——调虎离山。

他召集麾下所有将校，以及于阗国王，齐聚中军大帐，商议军情。帐内，班超故意面露难色，语气沉重地说道：“如今敌军势大，我军兵力单薄，硬拼绝无胜算。依我之见，不如暂且避其锋芒，各自散去。于阗王可率领部众向东撤退，我则率领汉军向西返回。待到夜半时分，听到鼓声为号，便即刻拔营出发。”