隃麋相曹凤颇具远见卓识，他上书朝廷，指出大小榆谷土地肥沃，水草丰美，又有西海的鱼盐之利，乃是西北边疆的战略要地。曹凤建议朝廷在此重新设立西海郡县，划定疆域，广泛开垦屯田，以此隔绝羌人与匈奴等部族的勾结之路，同时种植谷物，开发边疆，增强边疆的自给自足能力。

刘肇览奏之后，深以为然，当即采纳了曹凤的建议。朝廷下令修缮昔日废弃的西海郡故城，派遣金城郡西部都尉率军驻守西海郡，同时任命曹凤接任金城郡西部都尉一职，率领部众驻守龙耆城，主持当地的屯田与防务。

此后，东汉王朝在青海湖一带大力推广屯田政策，沿着河流两岸设置的兵营多达三十四部，屯田士卒一边耕种，一边戍守，西北边疆的防务与经济得到了长足的发展。这种安定繁荣的局面，一直延续到汉安帝永初年间，因西羌各部再度大规模叛乱，才被迫裁撤相关建制。

永元十三年（101年）十一月，鲜卑部族南下侵扰东汉右北平郡，其骑兵长驱直入，甚至攻入了渔阳郡境内，烧杀抢掠，百姓深受其害。渔阳太守闻讯，亲自率领郡兵出城迎敌，汉军将士同仇敌忾，奋勇杀敌，最终大破鲜卑骑兵，斩杀其首领，鲜卑残部仓皇北逃，渔阳、右北平二郡得以转危为安。

永元十七年（105年），高句丽太祖王高宫野心勃勃，率领部族兵马入侵辽东郡，大肆劫掠。辽东太守耿夔素有威名，他率领辽东郡兵奋起反击，大败高句丽军队，斩杀其统帅。高句丽军队遭遇“王军大败”的惨败之后，实力大损，再也无力与东汉抗衡。

为了求得生存，高句丽在永初三年（109年）与永初五年（111年）两次派遣使者前往洛阳，觐见汉安帝，主动请求调整与东汉的关系。其中，最为重要的成果便是在永初五年（111年），高句丽太祖王高宫“遣使如汉，贡献方物，求属玄菟”。彼时，高句丽县早已不复存在，高句丽主动请求东汉中央政府将其划归玄菟郡管辖。自此，高句丽正式成为由东汉郡级政权管辖的地方王国，这种藩属关系一直维持到元初五年（118年）。

除了西北、北方的边疆战事之外，东汉的南方地区亦时有蛮夷叛乱发生。永元四年（92年）冬，溇中、澧中地区的蛮族首领潭戎等人，率领部族反叛大汉，叛军四处烧杀抢掠，焚毁官府邮亭，杀害掠夺官吏百姓，一时间，南方地区人心惶惶。当地郡兵迅速集结，出兵平叛，经过一番激战，最终击溃叛军，迫使潭戎率领部众投降，南方局势得以稳定。

永元五年（93年），武陵郡的蛮族部落发动叛乱，武陵郡兵奉命出征，大破武陵蛮叛军，斩杀其首领，彻底平定了叛乱。

永元十三年（101年）十二月，巫蛮部落起兵反叛，攻打南郡。永元十四年（102年）四月，刘肇派遣使者都督荆州兵马，前往南郡征讨巫蛮叛军。汉军兵威赫赫，巫蛮叛军难以抵挡，最终被迫投降，南郡的叛乱得以平息。

此外，永元十二年（100年）四月，日南郡象林县的“蛮夷”部族两千余人发动叛乱，侵扰当地百姓，焚毁官府衙署，地方秩序大乱。郡县官吏迅速组织兵马前往讨击，斩杀叛军统帅，其余部众见大势已去，纷纷归降。

为了防范象林县的蛮夷再度叛乱，永元十四年（102年）五月，刘肇下诏设置象林将兵长史一职，专门负责镇守象林县，防备蛮夷侵扰，南方边疆的安定自此有了更为可靠的保障。